Nhận thức được tình hình đó, năm 1890 ông Nguyễn Giác Nguyên, đã dời nhà từ ấp Bình Nhựt ra chợ Bình Thủy lập một tiệm thuốc bắc lấy tên là Nam Nhã Đường, dùng làm nơi liên lạc, tập hợp những tấm lòng yêu nước và che mắt chính quyền, chuyển phong trào chống Pháp từ hình thức khởi nghĩa vũ trang sang đấu tranh hợp pháp. Được ít lâu, nhân các ông: Đinh Háo Khiêm, Ngô Cẩm Tiền ở chùa “Quang Nam Đường” (Đa Kao – Thành phố Hồ Chí Minh) xuống Bình Thủy truyền bá đạo Minh Sư - một tôn giáo bắt đầu từ bên Tàu, thờ Tam giáo (Nho, Phật, Lão), năm 1895 ông Nguyễn Giác Nguyên dẹp tiệm thuốc và trở về ấp Bình Nhựt (tại đầu cầu Bình Thủy) lập một ngôi chùa 3 căn đơn sơ (cột cây, lợp ngói) mang tên là Nam Nhã Đường để truyền bá đạo Minh Sư và xây dựng cơ sở hoạt động. Bên cạnh chùa một trại cưa nhỏ được hình thành.

         Năm 1905 chùa được tái thiết kỳ 2, gồm 5 căn, 2 chái. Lúc bấy giờ ngọn lửa của phong trào Đông Du, Duy Tân do cụ Phan Bội Châu lãnh đạo chống lại sự đàn áp của cuộc đấu tranh yêu nước và chính sách ngu dân của Pháp đã bắt đầu nhen nhúm và gây ảnh hưởng rộng lớn đối với các sĩ phu yêu nước miền Nam. Ở đây các nhà ái quốc đã thành lập những thương hội như “Minh Tân khách sạn”, “Minh Tân công nghệ”, “Tế Nam”… để làm kinh tài giúp đỡ cho các tổ chức đưa học sinh du học nước ngoài.

         Tại chùa Nam Nhã, ông Nguyễn Giác Nguyên và em vợ là Nguyễn Doãn Cung đã cố gắng khai thác ruộng vườn, trại cưa nhỏ ngày càng phát triển và trở thành một trại cưa rất lớn đem lại nguồn lợi tức khá cao. Thầy Ba Quy (Trương Vận Đạt) lo việc chỉ huy mua bán gỗ, thầy Ba Chệch (Phạm Minh Đạt) thì lo tổ chức cày bừa, cấy gặt…. tạo nguồn vốn ngày càng dồi dào, đây là hậu thuẫn vững mạnh cho phong trào Đông Du trong tỉnh do Nguyễn Thần Hiến lãnh đạo.

         Tháng 2/1913, Cường Để quyết định rời Nhật về Nam kỳ để vận động cho phong trào. Khi đến xã long Tuyền, Cường Để đã đến tại chùa Nam Nhã gần 20 ngày để cùng cụ Nguyễn Giác Nguyên mưu bàn quốc sự. Thời gian lưu trú tại chùa rất là bí mật, mọi sự liên lạc đều do ông Huỳnh Quang Thành đảm nhiệm, nên trước khi rời khỏi chùa Cường Để đã đem tiền được chùa giúp đỡ theo cho ông để lập một số cơ quan thông tin ở Sài Gòn, còn lại thì chuyển sang Hồng Kông. Sau đó Cường Để bí mật trên tàu của Công ty Thái Cổ trở về Sài Gòn. Khi Cường Để vừa rời khỏi Cần Thơ thì nội vụ bị Pháp phát hiện, chùa bị đóng cửa và sư cụ Nguyển Giác Nguyên bị chúng bắt giam tại khám Mỹ Tho. Khi Sư cụ Nguyễn Giác Nguyên được trả tự do thì chùa được phép hoạt động trở lại nhưng luôn luôn bị mật thám theo dõi nên các đồng chí trong phong trào Đông Du đã hạn chế việc liên lạc với chùa.

         Năm 1917 chùa Nam Nhã cất lại chính điện kỳ 3, công cuộc xây dựng đang tiến hành thì ngày 22/12/1017 Sư cụ Nguyễn Giác Nguyên từ trần, ông lão Hai (Trần Văn Nhiễu) lên kế vị đã cùng bà Thái tư, Thái Năm tiếp tục hoàn thành công trình đang dang dở. Năm 1925, Phan Bội Châu bị Pháp bắt ở Thượng Hải và đưa về An Trí ở Huế, Việt Nam Quang Phục Hội mất đi vị thủ lĩnh lỗi lạc. Năm 1939 Cường Để từ Đông Kinh sang Thượng Hải triệu tập các đồng chí và quyết định đổi tên “Việt Nam Quang Phục Hội” thành Việt Nam Phục quốc Đồng Minh Hội”, năm 1951 Cường Để từ trần tại Đông Kinh. Sau thất bại của phong trào Đông Du, chùa Nam Nhã tạm thời khép mình vào cửa đạo để chờ cơ hội thuận tiện mở rộng tấm lòng với các lý tưởng cao đẹp, đấu tranh vì tự do độc lập cho nước nhà.

          Năm 1927 đồng chí Nguyễn Ái Quốc lúc bấy giờ là Ủy viên Ban phương Đông của Ban chấp hành quốc tế Cộng sản đã đến Quảng Tây mở lớp đào tạo cán bộ cách mạng Việt Nam và đã thu hút được nhiều thanh niên yêu nước vào tổ chức VNTNCMĐCH, ở Cần Thơ có: Lê Văn Sô, Ung Văn Khiêm, Nguyễn Văn Tây, Trần Ngọc Quế. Sau khi thụ huấn, các đồng chí này đã trở về nước gây dựng cơ sở, các kỳ bộ, tỉnh bộ lần lượt ra đời. Tháng 9/1929 Đặc ủy Hậu Giang được thành lập do đồng chí Ung Văn Khiêm là bí thư, đóng trụ sở tại chợ Bình Thủy, chùa Nam Nhã được dùng làm nơi liên lạc giữa đặc ủy Hậu Giang và Xứ ủy Nam kỳ. Ngoài các đồng chí trong Xứ ủy Nam kỳ và Đặc ủy Hậu Giang, chùa Nam Nhã còn là nơi lui tới của các nhà cách mạng lỗi lạc Ngô Gia Tự, Bí thư Ban chấp hành ủy viên Lâm thời Đảng bộ Nam kỳ (trong quyển “Đồng chí Ngô Gia Tự - người chiến sĩ cộng sản lỗi lạc của Đảng ta” do Ban nghiêm cứu lịch sử Đảng hà Bắc xuất bản năm 1987 có in ảnh chùa Nam Nhã và chú thích sau: (chùa Minh Sư xã Long Tuyền tỉnh Hậu Giang nơi đồng chí Ngô Gia Tự đã qua lại hoạt động cách mạng).  Thật là không quá lắm khi nhà biên thảo Nguyễn Tài Năng trên báo Giác Ngộ, số 205 ra ngày 01/12/1984 đã gọi Nam Nhã là ngôi chùa Cộng sản.

          Ngày nay chùa Nam Nhã được du khách đến thăm viếng không phải chỉ riêng về vẻ cổ kính, trang nghiêm nơi cõi Phật, mà ở đây đã gợi nhớ lại những hoạt động sôi nổi của các sĩ phu yêu nước thời kháng chiến chống Pháp.